提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
湖北:基本形成丰富多元的现代博物馆体系******
中新网武汉2月3日电 (记者 梁婷)记者3日从湖北省文化和旅游厅获悉,该省多部门已联合发文,从14个方面部署推进博物馆改革发展。
湖北历史悠久,是远古人类文化的演化地、楚文化的发祥地、三国文化的富集地、红色文化的繁盛地。立足地域文化特色,该省发展科技、艺术、自然、民族、民俗、工业遗产等专题博物馆,构建起荆楚博物馆特色体系。目前,全省基本形成类型丰富、主体多元的现代博物馆体系。
湖北是全国博物馆事业起步较早、发展较快的省份之一。自2012年以来,全省博物馆数量由145家增至236家,平均每年有9家新博物馆建成开放。“十四五”末,全省博物馆预计达260家。
根据部署,该省将支持长江国家博物馆、湖北革命军事博物馆、三峡工程博物馆、三峡移民博物馆、南水北调博物馆、湖北体育博物馆等专题博物馆建设。同时,配合国家考古遗址公园项目,建设一批考古遗址博物馆。
湖北是文物大省,该省实施第一次国有文物普查、全省非国有博物馆藏品备案两项重大项目,基本摸清全省博物馆藏品家底,登录国有文物收藏单位藏品1531877件/套、非国有文物收藏单位藏品151582件/套,两项数据分别居全国第5、第8。
本次部署强调,加强可移动文物保护,实施馆藏珍贵濒危文物、材质脆弱文物、革命文物保护修复计划,注重将科学研究贯穿保护修复全过程。
此外,湖北将继续发挥博物馆“国家文化客厅”作用,系统梳理荆楚文化、三国文化等特色文化资源,实施“荆楚精品陈列展示工程”;参与中华文明展示工程,依托“荆楚文化走世界”“荆楚文化丝路行”等对外文化交流品牌。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)